Dłuższe magazynowanie płyt poliwęglanowych, szczególnie komorowych, wymaga układania ich poziomo w sterty, o tych samych wymiarach lub układane od formatów największych po najmniejsze, aby uniknąć odkształcenia struktury. Całość najlepiej układać na drewnianych podporach w miejscach zabezpieczonych przed bezpośrednim oddziaływaniem słońca i deszczu lub pod nakryciem.
Płyty pokryte przez producenta folią nylonową, zabezpieczają ją w transporcie i powinny być usunięte dopiero po montażu, natomiast w czasie magazynowania zakrywane, ponieważ długotrwale wystawione na deszcz i słońce mogą spajać się z powierzchnią poliwęglanu. Również wloty komór są na czas transportu i składowania zabezpieczone przez producenta cienkimi taśmami, które powinny być wymienione na właściwe taśmy paroprzepuszczalne i paroszczelne w trakcie montażu.
Aby nie uszkodzić wewnętrznej struktury płyt komorowych nie powinno się po nich chodzić, a w razie konieczności używać łat lub desek drewnianych wspartych na dużej powierzchni płyty.
Konstrukcje wykorzystujące płyty poliwęglanowe w kształcie łuku lub montowane skośnie, z większym spadem, wystawione na działanie deszczu ulegają samoczyszczeniu. Jednak aby zapewnić najlepszą przezierność i jasność wnętrza doświetlanego pomieszczenia, warto je czasowo przemyć.
Zaleca się w tym celu używanie łagodnych środków myjących, jak woda z mydłem lub płyn do naczyń oraz miękkich ścierek i gąbek. Przy wielkich powierzchniach można użyć myjki ciśnieniowej wodnej (maks. 100 bar) lub parowej. Nie można natomiast stosować środków silnie alkalicznych i rozpuszczalników jak benzen, aceton, alkohol, ponieważ mogą szkodliwie wpływać na warstwę poliwęglanu. Nie wolno też używać ostrych przedmiotów i materiałów ściernych.
W przypadku zanieczyszczenia powierzchni poliwęglanu farbą lub olejem można je usunąć przy pomocy miękkiej ścierki i eteru naftowego (BP65) lub heksanu, heptanu. Po tej operacji warto całość dokładnie przemyć wodą, najlepiej z delikatnym środkiem myjącym.